1991 йилдан кейин Тожикистонда бошланган инқироз ва фуқаролик уруши мамлакатдаги йирик инфратузилма лойиҳаларини, жумладан Роғун ГЭСи қурилишини тубдан издан чиқарди. Қурилиш майдони талон-тарож қилинди, ускуналар вайрон бўлди, кўплаб муҳандислар мамлакатдан чиқиб кетишга мажбур бўлди. Натижада баландлиги 335 метрга етиши кўзда тутилган Роғун тўғони бир неча йил давомида «тугалланмаган гигант» сифатида қолиб кетди.
