1991 yildan keyin Tojikistonda boshlangan inqiroz va fuqarolik urushi mamlakatdagi yirik infratuzilma loyihalarini, jumladan Rogʻun GESi qurilishini tubdan izdan chiqardi. Qurilish maydoni talon-taroj qilindi, uskunalar vayron boʻldi, koʻplab muhandislar mamlakatdan chiqib ketishga majbur boʻldi. Natijada balandligi 335 metrga yetishi koʻzda tutilgan Rogʻun toʻgʻoni bir necha yil davomida «tugallanmagan gigant» sifatida qolib ketdi.